События игры начинаются в Карибском бассейне, через год после Войны за испанское наследство (1701-1714), в золотой век пиратства. Главный герой, Эдвард Кенуэй, пират по своей натуре, и ему не было дела до многовековых раскладов между тамплиерами и ассасинами, не было никаких идейных убеждений и веры в благочестивые идеалы у него, лишь блеск золота да звон монет мотивировали Кенуэя идти на риск. Но однажды, облачившись в костюм с убитого ассасина, с его помощью попадает на приём к губернатору-тамплиеру. Обман раскрылся, но Эдвард успел узнать о таинственной Обсерватории, в которой таится нечто совершенно невероятное.
Так началась история сложных отношений с двумя орденами, в которых Эдвард вначале хотел придерживаться позиции незаинтересованного наблюдателя, но узнав подробности, стал симпатизировать ассассинам. В поисках Обсерватории он побывает во множестве экзотических мест, соберёт свою отважную команду пиратов, будет брать на абордаж торговые и военные корабли для улучшения и усиления собственного корабля. Впервые в серии можно будет при помощи дайвинга исследовать затонувшие корабли и руины. Эдвард в схватках с врагами может использовать выдвижные клинки, рапиры, абордажные сабли, пистолеты и духовые трубки с ядовитыми дротиками. А кроме тамплиеров Кенуэю часто будут противостоять конкуренты по пиратской стезе.